W celu usprawnienia zarządzania środkami finansowymi, pochodzącymi z Unii Europejskiej, co w rezultacie prowadzi do podniesienia efektywności absorpcji tych środków, Minister Infrastruktury i Rozwoju podjęła decyzję o utworzeniu instytucji, która zdołałaby zrealizować ten cel.

W związku z powyższym, z dniem 1 stycznia 2009 r. została utworzona na podstawie Zarządzenia Nr 16 Ministra Rozwoju Regionalnego z dnia 15 grudnia 2009 r. państwowa jednostka budżetowa – Centrum Projektów Europejskich zwane dalej „CENTRUM”.
Centrum podlega Ministrowi Infrastruktury i Rozwoju i realizuje zadania powierzone przez niego w zakresie wdrażania programów Europejskiej Współpracy Terytorialnej (EWT), Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa i Partnerstwa (EISP), Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki (POKL) oraz innych zadań współfinansowanych ze środków Unii Europejskiej.

Zadanie główne będzie realizowane poprzez następujące zadania szczegółowe:

• wspieranie administracyjno-merytoryczne instytucji realizujących programy operacyjne Współpracy Transgranicznej i Współpracy Międzyregionalnej w ramach programów Europejskiej Współpracy Terytorialnej (EWT) i Europejskiego Instrumentu Sąsiedztwa i Partnerstwa (EISP);

• wykonywanie zadań Krajowego Ośrodka Europejskiego Funduszu Społecznego (KOEFS) oraz Krajowej Instytucji Wspomagającej (KIW) w ramach POKL;

• prowadzenie Centralnego Punktu Informacyjnego Funduszy Europejskich (CPI) w ramach POPT,

• opracowywanie, wdrażanie i inicjowanie rozwiązań organizacyjnych i systemowych w zakresie realizowanych programów;

• wspieranie innych instytucji w procesie wdrażania programów i projektów europejskich na podstawie zawartych z nimi porozumień;

W trakcie wykonywania wyżej wymienionych zadań, Centrum:

1. stosuje zasady i procedury obowiązujące przy realizacji poszczególnych programów i określone we właściwych dla danego programu dokumentach;

2. współpracuje z odpowiednimi komórkami organizacyjnymi urzędu obsługującego Ministra Infrastruktury i Rozwoju.

Działalnością Centrum kieruje Dyrektor, powołany przez Ministra Infrastruktury i Rozwoju.

Działalność Centrum finansowana jest z budżetu państwa, z części 34 – Rozwój Regionalny. Dyrektor Centrum jest dysponentem środków budżetu państwa trzeciego stopnia, podległym dysponentowi głównemu. Podstawą gospodarki finansowej Centrum jest plan finansowy zatwierdzony zgodnie z obowiązującymi w tym zakresie przepisami. Centrum sporządza sprawozdawczość przewidzianą dla jednostek budżetowych.